Aģentūras darbības galvenais mērķis ir lietderīga un efektīva Alūksnes novada administratīvajā teritorijā esošo publisko ezeru un upju apsaimniekošana, publisko pakalpojumu sniegšana Alūksnes novada iedzīvotājiem, kā arī viesiem un tūristiem rūpnieciskās zvejas un licencētās makšķerēšanas, ūdenssporta un atpūtas organizācijas jautājumos, kas saistīti ar Alūksnes novada publisko ezeru (tajā skaitā- salu) un upju ūdenstilpju un krasta zonas izmantošanu.